Los cuartos de la Asociación Nacional de Baloncesto (NBA) duran 12 minutos, gorra nba negra y hay cuatro de ellos durante cada partido de la NBA. En el torneo que reúne a los equipos de A y la B, Atlético Nacional logró su primer título en esta competición de la mano del profesor Juan Carlos Osorio, el cuadro paisa avanzó primero en el grupo con un total de 19 puntos, se enfrentó en octavos de final con Independiente Santa Fe con un global de 5-2 a favor, en cuartos de final avanzó con un global de 4-2 frente a Deportes Tolima, en semifinal derrotó a Boyacá Chicó con global de 2-0, de esta manera pasó a disputar la final frente al Deportivo Pasto. Nacional clasificó al cuadrangular final del Torneo Apertura, donde se enfrentó al Deportivo Cali, al Boyacá Chicó y a Independiente Santa Fe, obteniendo el primer lugar y del derecho a disputar la final frente al Atlético Huila.
En esa temporada, Atlético Nacional fue invitado para participar de la primera edición, dejando en el camino a América de Cali, Santiago Wanderers y Nacional de Montevideo para llegar a la final. Le correspondió jugar en el grupo B con Envigado F. C., Independiente Medellín, Deportivo Pereira, Deportivo Rionegro de la primera B e Itagüí Ditaires también de la B. Ganó su grupo con 21 puntos, seguido de Envigado con 15 puntos. Para el Torneo Apertura 2011, el equipo logró clasificarse entre los 8 mejores del campeonato, incluyendo victorias sobre sus más encopetados rivales como América de Cali, Millonarios F. C., Deportivo Cali y en dos ocasiones a Independiente Medellín. A pesar de tener un primer año mediocre, en el que solo lograron 4 victorias y 20 derrotas, en los tres siguientes el equipo acumuló un balance de 77 victorias y 13 derrotas, periodo en el que Bryant jugó en todas las posiciones de la cancha.
En 2005, el primer año en que se realizaba la Copa Ciudad de Santa Fe, Atlético Nacional se coronó como campeón. Por otra parte, en la Copa Merconorte 2001, se quedó por fuera en el Grupo D al ser segundo con 10 puntos, dos menos que C. S. Emelec, primero de la zona y finalmente subcampeón de aquel torneo. Contenidos de los programas creados, o al menos adaptados, por los países donde se imparten. El primer partido, disputado en el Estadio Nemesio Camacho El Campín de Bogotá, el 16 de diciembre, finalizó 3-0 a favor de Atlético Nacional con goles de Carmelo Valencia, Sergio Galván y León Darío Muñoz. En el partido de vuelta, Nacional goleó al Junior, esta vez por marcador de 3-0 con goles de Jefferson Duque y John Pajoy en dos oportunidades. Y en su último compromiso de la primera ronda, cayó derrotado en condición de visitante 3-0 con la Liga Deportiva Alajuelense. Juan José Peláez tomó la dirección técnica con jugadores como Freddy Grisales, Aquivaldo Mosquera y Milton Patiño, entre otros, con los cuales llegó a la final del Torneo Apertura contra su rival de patio, Independiente Medellín, en la primera final paisa de la historia del fútbol colombiano.
A pesar de haber llegado hasta octavos de final de la Copa Sudamericana y de haberle empatado 3-3 al América de México en los Estados Unidos, en el partido de vuelta Nacional cayó goleado por 1-4 en Medellín y a partir de ahí no volvió a ganar ningún partido en el torneo colombiano y sufrió la llamada «Fiebre amarilla», ya que perdió con todos los equipos cuyo color representativo era el amarillo (como el América de México, Atlético Bucaramanga, Atlético Huila, etc). Pese a la debacle en la final de la Copa Sudamericana, Alexis García siguió al mando técnico de Nacional para el año 2003, en el cual el equipo verdolaga no pudo llegar a la final de los torneos Apertura (puesto 14) y Finalización (segundo, pero en los cuadrangulares fue tercero del Grupo B). Antonio Dorta, que al lesionarse, fue sustituido por Javier de Pablos, quien al también ser baja, dio paso a Grisaleña, que ocupó el puesto de titular hasta la recuperación de Dorta y Pablos. Ya en el partido de vuelta, Nacional goleó 4-1 al equipo Xeneize en Medellín, pese a haber arrancado perdiendo con un tempranero gol de Javier Villarreal. El primer partido, disputado en el estadio Guillermo Plazas Alcid de Neiva, el 13 de junio, finalizó 1-0 a favor de Atlético Nacional con gol de Carmelo Valencia.