Por aquel entonces, Raimundo Saporta llegó a alcanzar la vicepresidencia del club, estrenando el cargo en 1962, y sus actos no hicieron sino ayudar al firme crecimiento de la sección de baloncesto en particular, y del club en general. «Paco» Gento (arriba), fue uno de los líderes deportivos del club junto a Amancio Amaro (abajo) del «Madrid Yé-yé». Ese año fue el último del club con la denominación Caja Huelva. En la 1992/93, el Monte Huelva de Manuel Fernández Rey, «Pirulo», cuadra la mejor temporada de su historia y llega a la última fase del playoff de ascenso, quedándose a las puertas de la Liga ACB frente al CB Cornellá. El estreno onubense en la segunda categoría nacional se produjo en la temporada 1988/89, ese año llegó el primer extranjero en la historia del club, el Ala-Pívot norteamericano Voise Winters; tras un primer año complicado, el Caja Huelva desciende de nuevo a Segunda División tras perder (3-2) en un ajustado playoff por la permanencia ante el Obradoiro. «los blancos» consiguieran cinco Copas de Europa consecutivas, las cuales se mantienen como la mejor actuación lograda nunca por un equipo en la historia de la competición.
Conocido como ‘El Bressol del Basquetbol’ (La Cuna del Baloncesto) por ser una fábrica inagotable de talento desde hace más de 5 décadas. Material de gran calidad dirigido a personas tanto que se están inciando en el mundo del baloncesto. Sin embargo, el CB Ciudad de Huelva perdió los 4 siguientes partidos, finalizando la primera vuelta en la última posición con el paupérrimo bagaje de 2 victorias y 15 derrotas, lo que propició la destitución del técnico Sergio Valdeolmillos, pasando José María Oleart a encabezar el banquillo onubense. Como ya hicieron en liga, los de José María Oleart, ganaron en la pista granadina (64-71) con un Davin Davis (28 puntos y 15 rebotes para 40 de valoración) de otra galaxia. Factores como la renuncia del Universidad Complutense madrileño para disputar la Liga LEB 2003/04 y la ampliación a 18 equipos, le sirvieron al CB Ciudad de Huelva para ser repescado y obtener una plaza para seguir compitiendo por sexto año consecutivo en la categoría. Finalizó la temporada en cuarta posición y se clasificó para los playoffs de ascenso a la Liga ACB; en cuartos de final se enfrentó al Viajes Aliguer de Pineda de Mar, al que superó por un contundente 3-0; en semifinales, el CB Huelva se enfrentaría al Andorra BC, que venía de dar la sorpresa al vencer (3-2) al campeón de la liga regular, el Gijón Baloncesto.
El CB Huelva realizó una gran fase regular y se clasificó para disputar la Copa Príncipe de Asturias en Torrelavega, aunque cayó en semifinales ante el Gijón Baloncesto. Sin embargo, el CB Ciudad de Huelva sorprendió a propios y extraños realizando un gran campeonato, manteniendo una gran regularidad durante la primera vuelta (en la que solo perdió 4 partidos de 17) y se clasificó, por segunda vez en su historia, para la Copa Príncipe de Asturias en Huesca, cayendo en semifinales ante el Baloncesto Fuenlabrada por 75-68 en un pésimo último cuarto. El Ciudad de Huelva había conseguido en un par de semanas lo mismo que en toda la primera vuelta, pero todos los sectores del club sabían que era prácticamente inevitable disputar el playoff por la permanencia; aun así, el equipo onubense logró su quinta victoria en la 24.ª jornada ante el Caja San Fernando (85-84), logrando salir de la última posición en la que estaba instalado desde hace meses; en la siguiente jornada, una nueva victoria en la pista del Caja Cantabria (80-81) le dejó a un partido de tener el factor cancha a favor en los playoffs, pero volvió a encadenar varias derrotas consecutivas que le situaron a 4 jornadas del final en la última posición y a dos partidos del Ourense, penúltimo.
El equipo onubense completó una segunda vuelta más discreta que la primera (9 victorias y 8 derrotas), pero lo suficiente como para quedar cuarto y tener el factor cancha a favor en los cuartos de final de los playoffs. Palacio de Deportes de Huelva que, por primera vez en su historia, registraba un lleno absoluto (más de 5.000 espectadores), el Baloncesto Fuenlabrada se agarró a la eliminatoria venciendo (85-91) en un ajustadísimo partido. ACB, promediando la salvaje cifra de 10 rebotes por partido. Onubenses y andorranos se jugarían un puesto para la siguiente temporada en la Liga ACB, los dos equipos ganaron los dos enfrentamientos en sus canchas y todo se decidiría en el quinto partido de la serie, un Andrés Estrada abarrotado llevó en volandas a su equipo que ganó 76-73 el fatídico partido. 87-84. Granger Hall debutó con la camiseta onubense en este partido y sumó un doble-doble con 25 puntos, 12 rebotes y 38 de valoración. ¿Cuáles son las cosas a considerar al comprar una camiseta de la NBA? El Caja Huelva logró la permanencia el primer año en la Segunda División Nacional (lo que hoy sería la LEB Plata) y, al año siguiente, se mudó del pabellón Las Américas al flamante Polideportivo Andrés Estrada y disputó el playoff por el ascenso a la Primera División «B» (actual LEB Oro) que consiguió un año después.