Las eliminatorias correspondientes a la Eurocopa 1996 de Inglaterra verían tres victorias de la selección, y un penúltimo puesto, siendo la mejor clasificación de los israelíes desde que forman parte de la asociación europea. En su retorno a la primera división en la temporada 2022 finalizaría en el octavo puesto, clasificándose a la Copa Sudamericana. Pese a ello, el organismo forma parte de la RFEF aunque con autonomía jurídica y está conformado por todos los clubes de Primera y Segunda División, las consideradas ligas profesionales de España. Está integrada por 46 delegados (22 de la Primera División, 6 de la Primera Nacional, 5 de la Primera B, 2 por la Primera C, 1 por la Primera D, 2 por el Federal A, 5 por las ligas, 1 por el fútbol femenino, 1 por el futsal y fútbol playa; y 1 por exárbitros, exjugadores y exentrenadores) que pueden ser presidentes o vicepresidentes de los clubes, con derecho a un voto. Fue la primera final del Campeonato Europeo de Fútbol de la Unión de Federaciones Europeas de Fútbol (UEFA), la máxima competición futbolística de selecciones nacionales de esta confederación, y lo disputaron la Unión Soviética y Yugoslavia. Finalmente, la selección danesa, campeona de la competición en 1992, dejaría sin entrar en el torneo a los hebreos tras el 8-0 global de la eliminatoria.
En la eliminatoria para la Eurocopa 2016 tuvo un grupo bastante complicado en el cual tuvo que enfrentar a selecciones que participaron en el mundial de Brasil 2014 como Bélgica y Bosnia y Herzegovina, eliminatoria que al final terminó en cuarto lugar entre seis equipos, solo superando a Chipre y Andorra. Clasificó nuevamente cuatro años más tarde para el Mundial 1994 en Estados Unidos después de vencer a Argentina 5-0 en el estadio Monumental de Buenos Aires durante la última fecha de esta fase eliminatoria. Otro logro histórico fue el partido de clasificación Argentina-Colombia para la Copa Mundial de Fútbol 1994, en el que la Selección de Colombia goleó 5-0 a su similar de Argentina en Buenos Aires el 5 de septiembre de 1993, convirtiéndose hasta ahora en la única selección en anotarle cinco goles a la selección de Argentina como visitante, asegurando la clasificación al Mundial de Estados Unidos 1994. La selección de 1994, quizá la más destacada de esta generación, fue dada como favorita para ganar el Mundial de Estados Unidos por varios especialistas del fútbol como Pelé, quien manifestó que «Colombia es mi selección favorita para ser campeona del mundo».
Hasta ese momento sólo se buscaba, a través del deporte, camisetas fútbol niños levantar la autoestima de sus trabajadores con el fin de elevar su productividad en el trabajo. El buen trabajo vería sus mejores frutos en el año 2000 cuando en la fase clasificatoria de la misma competición Israel consiguió finalizar segunda de su grupo por detrás de la selección española para la repesca de la Eurocopa 2000 de Bélgica y los Países Bajos. Acoge también los Juegos Maccabiah desde 1950, una competición multideportiva similar a los Juegos Olímpicos, en la que solo compiten atletas judíos. Otras actuaciones destacadas son los subcampeonatos de las Copas América de Ecuador 1993 y Colombia 2001, competición en la que participó en calidad de invitado, precisamente desde la edición de 1993 hasta 2016, regresando en 2024. Además, la FIFA la distingue como la selección que más competiciones oficiales ha disputado en la historia con diez. Si bien en Europa no han tenido actuaciones importantes, en Asia cuando eran parte de la AFC lograron 6 Campeonatos Sub-19, dos de ellos compartidos con Birmania. El equipo forma parte de la Asociación de Fútbol de Israel y es entrenado por Meir Nachmias.
Además, posee dos títulos regionales de la Copa NAFC (predecesora de la Concacaf) y la Copa de Naciones Norteamericana 1991, siendo el equipo más exitoso en esos certámenes. Liga de Naciones de la UEFA 2022-23 que se realizó en Róterdam y Enschede, y cuya final se disputó en el estadio De Kuip de Róterdam, venciendo en la tanda de penaltis a la selección de Croacia. Un éxito que no han podido repetir hasta la actualidad. Ostentó la marca en solitario hasta que fue igualada en 2024 por el gaditano Joaquín Sánchez, como el jugador de campo -que no guardameta- de mayor registro, alcanzando la cifra en el que fue su último partido como profesional. En el segundo encuentro, frente a la selección sueca en el Estadio Luis Dosal de Toluca, llegaría el único gol de Israel en los mundiales, anotado por el jugador más importante de su historia, Mordechai Spiegler, gol que supuso el primer punto en un Mundial, al finalizar el partido con el marcador de 1-1. Israel se jugaba su clasificación ante la selección italiana, a la que debía vencer por 2-0 para clasificarse para los cuartos de final, pero no fue posible y arrancó un 0-0 en el Estadio Luis Dosal de Toluca, que si bien era insuficiente para clasificarse, sí era un empate de prestigio ante la que posteriormente saldría como subcampeona.